Abildgaard blev udlært som kunstner ved Det Kgl. Kunstakademi i København under professorerne Johan Mandelberg og Johs. Wiedewelt, som begge repræsenterede nyklassicismen i Danmark. I 1771 vandt Abildgaard Akademiets rejsestipendium og rejste herefter til Rom, hvor han færdedes i kredsen omkring kunstnerne Tobias Sergel og Johann Füssli. I denne periode begyndte Abildgaard for alvor at arbejde med historiemaleriet og hans stil ændrede sig i forhold til nyklassicismen.
I 1777 vendte Abildgaard tilbage til Danmark, og året efter blev han udnævnt til professor ved Akademiet i København. Han udførte blandt andet ti malerier til udsmykningen af Riddersalen på Christiansborg Slot (1778-1791). Ved siden af dette arbejde udførte han tegninger til gravminder, kostumer, illustrationer og satiriske stik. Senere kastede han sig også over møbelkunst og rumdekorationer.
Abildgaard var meget optaget af tidens frihedsdiskussioner, samfundskritik og revolutionære tendenser, men trak sig tilbage fra den offentlige debat omkring 1799, hvor censuren atter strammedes i Danmark. I 1792 påbegyndte han arbejdet med Frihedsstøtten, der blev rejst ved Vesterport i København i 1797.
I 1801 blev han udnævnt til Akademiets direktør for anden gang.
Patrick Kragelund: Abildgaard. Kunstneren mellem oprørerne, bind 1-2, Købehavn, 1999
Sven Bjerkhof (red.): Nicolai Abildgaard. Kroppen i oprør, København, 2009
Weilbachs Kunstnerleksikon