Frederikke Köes giftede sig i 1813 med arkæologen P.O. Brøndsted, som var en god ven af hendes bror George Köes. Både hun og tvillingesøsteren Marie Aagaard brevvekslede med Kamma Rahbek.
Sammen med P.O. Brøndsted fik hun tre børn: Georg, Marie Augusta og Frederikke, men døde selv i barselsseng med den sidste. Efter hendes død rejste P.O. Brøndsted til Sydeuropa og efter Frederikkes eget ønske blev deres tre børn sat i pleje hos søsteren Marie på godset Iselingen.
Ibsen, Charlotte: Spredte Erindringer om mit Barndomshjem, Holbæk Amts Avis’ Bogrykkeri, 1903